Relasi Surabaya-Gambringan-Solo- Kutoarjo (PP)
KA 165 Sancaka Utara (SBI-KTA)
KA 166 Sancaka Utara (KTA-SBI)
Relasi Purwokerto-Surabaya-Jember (PP)
KA 297 Logawa (JR-PWT)
KA 298 Logawa (PWT-JR)
Relasi Banyuwangi-Jember-Surabaya (PP)
KA 184 Mutiara Timur Siang (KTG-SGU)
KA 185 Mutiara Timur Malam (SGU-KTG)
Relasi Surabaya-Malang (PP)
KA 283 Songgoriti (SGU-ML)
KA 284 Songgoriti (ML-SGU)
Relasi Jember-Banyuwangi (PP)
KA 460 Pandanwangi Pagi (KTG-JR)
KA 461 Pandanwangi Sore (JR-KTG)
Relasi Yogyakarta-Wojo-Kutoarjo-Kebumen (PP)
KA 801A Bandara YIA (YK-KM)
KA 802A Bandara YIA (KM-YK)
KA 803A Bandara YIA (YK-KM)
KA 804A Bandara YIA (KM-YK)
KA 819 Bandara YIA (YK-WJ)
KA 820 Bandara YIA (WJ-YK)
KA 821 Bandara YIA (YK-WJ)
KA 822 Bandara YIA (WJ-YK)
KA 823 Bandara YIA (YK-WJ)
KA 824 Bandara YIA (WJ-YK)
